Como anticipo al lanzamiento de los nuevos Mac, Apple ha distribuido las nuevas versiones de sus distintos sistemas operativos. Esto incluye iOS 10.1, tvOS 10.0.1, watchOS 3.1, y macOS 10.12.1. El cambio más notable de iOS 10.1 es la inclusión del modo retrato para la cámara dual del iPhone 7 Plus, que permite crear efectos de profundidad utilizando la cámara secundaria para aportar información adicional de la escena.
También ha solucionado varios fallos en las aplicaciones de Mensajes y Fotos, de compatibilidad con el Apple Watch, y errores varios con dispositivos Bluetooth de terceros, AirPlay, iTunes o Safari, entre otros. tvOS 10.0.1 es una actualización menor con mejoras de seguridad y algunos fallos corregidos, que añade en EE. UU. diversos canales de televisión de los proveedores de cable.
watchOS 3.1 corrige (ya lo sabíais) fallos existentes en la versión 3.0, con algunas mejoras en las aplicaciones de Mensajes, y un problema que no se podía utilizar Force Touch con aplis de terceros. Por último, macOS 10.12.1 es una versión que añade compatibilidad con los álbumes con efectos de profundidad del iPhone 7 Plus, mejoras de compatibilidad con Microsoft Office al usar el escritorio y documentos de iCloud, mejora la característica de autodesbloqueo al acercar un Apple Watch, y cierra diversos fallos de seguridad de Safari.