Uno de los grandes ausentes de las placas base —incluso de las de gama alta—, y que poco a poco se va corrigiendo, es Thunderbolt 3. En parte porque es tecnología propietaria, de pago, aunque Intel la va a convertir en una tecnología sin coste y abierta. Gigabyte va a poner a la venta la placa base X399 Designare EX para procesadores Ryzen Threadripper, y su característico zócalo de buen tamaño, el TR4. Dispone de ocho bancos de memoria para DRAM de hasta 3600 MHz, más la subida adicional que se consiga tocando el BIOS.
La placa incluye un cabezal de cinco pines para tarjetas de expansión Thunderbolt 3 para usarlas a la velocidad de 40 Gbps que alcanzan a través de uno de los cinco puertos PCIe con que cuenta la placa base. Cuatro de ellos son PCIe 3.0 compatibles con hasta cuatro tarjetas gráficas a x16/x8/x16/x8, y el quinto es PCIe 2.0 x4. Incluye un chip de audio ALC1220 de Realtek, y dos controladores Ethernet de Intel para los dos puertos de la parte posterior.
La iluminación se limita a una zona de color azul en el disipador del chipset de la placa base. Dispone de tres ranuras para SSD de tipo M.2 —dos 2280 y uno 2260—, que van cubiertos por sus propios disipadores. Incluye wifi 802.11 ac y Bluetooth 4.2. En la parte trasera dispone de un USB 3.1 tipo A, un USB 3.1 tipo C, y ocho USB 3.0, más una salida de audio óptica, cinco de audio de 3.5 mm y un PS/2.